Beim Fettsäureabbau werden Fette, die in der Muskelzelle und im Unterhautfettgewebe als Triglyzeride vorliegen, in ihre Bestandteile Glycerin und Fettsäuren gespalten. Die Fettsäuren werden weiter aufgespalten und ihre Bestandteile (C-Atome) nach Umwandlung in Acetyl- Coenzym A in den Zitronensäurezyklus eingespeist.
Beim Fettsäureabbau wird mehr Sauerstoff benötigt als bei dem Glykogenabbau.